Aus dem Plan von Johann Lorenz Fink aus dem Jahr 1783 kann man neben dem alten Chorturm auch den gotischen Chor sehr gut erkennen. Die halbrunde Apsis war abgetragen und der Chorturm war um etwa acht Meter nach Osten erweitert worden. Das Langhaus wurde nach Westen erweitert, dass eine einschiffige, gotische Hallenkirche entstand.
Zu beiden Seiten des Hochaltares standen wie auch heute noch die Patrone St. Heinrich und Kunigunde. Das Altarblatt soll die Himmelfahrt Mariens dargestellt haben. 1520 war der rechte Seitenaltar ein Marienaltar, der 1697 von Schreinermeister Paul Seber wegen „Altersschwäche“ erneuert wurde.
Immer wieder wurde die Pfarrkirche Opfer von Flammen. Am 25.06.1460 durch Markgraf Albrecht Achilles, im Oktober 1553 durch den kriegswütigen Markgrafen Albrecht Alkibiades und am 31.05.1640 durch hessisches und Sachsen-Gothaische Kriegsvölker. Vor allem diese drei katastrophalen Feuersbrünste hatten dem Baukörper der Pfarrkirche unheilbare Bauwunden geschlagen. Als Johann Bartholomäus Schlör aus Volsbach im Oktober 1782 als neuer Pfarrer nach Burgkunstadt kam, war er über den Zustand seiner Pfarrkirche entsetzt. Schon fünf Tage nach seinem Eintreffen berichtet er nach Bamberg, dass zwei Bogenstücke im Chorbogen heruntergestürzt waren. Der Turm habe sich von oben bis unten schon vor langen Jahren auseinanderbewegt. Baumeister Behr aus Staffelstein rät den Turm bis zum Gewölbe abzutragen. Pfarrer Schlör bat das Vikariat, noch einen Baumeister nachsehen zu lassen. Auf diese Weise kam Hofwerkmeister Johann Lorenz Fink erstmals amtlich nach Burgkunstadt. Das Gesicht der Stadt wurde durch ihn in den kommenden Jahren wesentlich geprägt.